課程資訊
課程名稱
次世代定序在分子生物學上的應用
Applications of NGS sequencing in Molecular Biology 
開課學期
109-1 
授課對象
生命科學院  基因體與系統生物學學位學程  
授課教師
朱雪萍 
課號
MCB5037 
課程識別碼
B43 U1530 
班次
 
學分
2.0 
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
 
上課地點
 
備註
需修過分子生物學。時間地點另定,開學向授課老師查詢。
總人數上限:20人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1091MCB5037_ 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

次世代定序的方法已廣泛應用在探討分子生物學上的分子機制,但數據龐大,必須使用的大數據分析方法,一般生物背景的研究生大都缺乏大數據分析的能力。此外,在探討分子生物學上的分子機制中,目前科學界,正加速開發各種新式的次世代定序備置方法已解決各式各樣的生物問題,例如:疾病遺傳學,表觀遺傳學,核糖核酸與蛋白質的交互作用,核糖核酸的結構與剪切,DNA變異等等的課題都可利用次世代定序的方式來研究。此課程目標以培養具備大數據資訊分析,使分子生物學背景的學生,能廣泛使用此方法,來解決分子生物性問題。 

課程目標
1 培育具有大數據分析能力兼分子生物專業的人才
2 增進跨領域學習與交流
3 專業領域的增進與提升創新能力 
課程要求
待補 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
每週三 10:20~12:10 備註: 上課時間為每週三 上午10:20~12:10 上課教室:生命科學館 419電腦教室 
指定閱讀
待補 
參考書目
待補 
評量方式
(僅供參考)
   
課程進度
週次
日期
單元主題
第2週
9/16  次世代定序在分子生物學上的應用簡介與原理 
第3週
9/23  RNA-seq /ChIP-seq原理與應用工具 
第4週
9/30  邀請演講1-Linux 系統與國網使用--國網中心葉昌偉/黃介瑋 
第5週
10/7  網路資源應用:IGV, UCSC genome browser, David genome 
第6週
10/14  Linux系統 Shell 送job實作練習/SRA files 
第7週
10/21  邀請演講2--中研分生所余承欣/林信男博士 nanopore sequencing analysis 
第8週
10/28  R 工具的應用與實作 — 基礎 R 語言 
第9週
11/4  文獻討論1---第二組、第五組 
第10週
11/11  邀請演講4---中研院植微所陳柏仰老師 
第11週
11/18  文獻討論2---第一組、第四組 
第12週
11/25  文獻討論3---第三組、第六組、第七組 
第13週
12/2  邀請演講3---中研院基因體中心莊樹諄(三)10:30-12:10 
第14週
12/9  R 工具的應用與實作 — RNA-seq分析 ---繳交報告計畫摘要 
第15週
12/16  個案討論報告與實作

報告組別:
組1: 蔡安怡 欒玖霖 黃怡玲  
第16週
12/23  個案討論報告與實作

報告組別:
組1: 曾思穎 胡兆棨 李冠緯
組2: 王亮勻 張中瀚
組3: 吳奕蓁 高祥薪 韓喬融  
第17週
12/30  個案討論報告與實作

報告組別:
組1: 吳翊廷 凃妤宣 楊仁龍 林冠廷
組2: 沈映成 蕭如秀 龔品睿 陳巧儂
組3: 劉致陞 吳秉祜